Non conosco il programma specifico ma in genere le sovrapposizioni si fanno per mezzo dell'uso dei "livelli" (layers).Ne crei uno nuovo, ci piazzi il logo, scegli il metodo di fusione e l'opacitá/trasparenza e hai finito.
Photoshop. Ma ormai anche le app da cellulare permettono di fare cose su più livelli. Per esempio picsart